باتوجه به این مطلب که فاضلاب صنایع مختلف حاوی مواد مضر شیمیایی و سمی فراوانی است ، و این مواد سمی به تنهایی توسط بکتری های بی هوازی تجزیه نمیشوند و همچنین باکتریهای هوازی نیز در محیط های با بار مواد سمی بالا از پا در می آیند ، لذا از یک سری روشهای ترکیبی هوازی- بی هوازی استفاده می نمایند. به ترتیبی که فاضلاب با بار آلودگی سمی و شیمیایی بالا ابتدا توسط باکتری های بی هوازی تصفیه می شوند ، و پس از کاهش بار آلاینده های سمی ، این فاضلاب به باکتری های هوازی سپرده می شود تا کیفیت تصفیه به بالاترین حالت ممکن برسد.